Il est difficile, en un seul article, de parler de Lavardac, de son évolution et de ses habitants dans l’époque qui suit le Moyen-âge. Nous allons évoquer d’abord les problèmes religieux, politiques, et leurs conséquences. Dans un prochain article, nous aurons à parler du commerce sur la Baïse, des marchandises qui transiteront par notre ville. Le Moyen-Âge se termine. La Guerre de Cent Ans s’achève. Le pouvoir royal progressivement élimine les pouvoirs des seigneurs, en particulier sur les villes, contrôlées par les plus riches bourgeois, souvent commerçants, et représentés dans les Parlements locaux. La population devient exigeante en ce qui concerne les croyances, les rites, le mode de vie des prêtres et de la hiérarchie religieuse. Certains les critiquent ouvertement. Tels Calvin et Luther. Ils sont suivis par des princes, des seigneurs, dans leur refus du pouvoir du pape. Leurs sujets les suivent obligatoirement : un roi, une foi, une loi. Les Guerres de Religion vont opposer les Catholiques et les Protestants. Les rois de France catholiques vont d’abord défendre la religion de leurs ancêtres. Les tendances religieuses sont partagées entre les Catholiques modérés, les Catholiques extrémistes, et les Protestants. La sœur de François 1er, Marguerite de Valois, reine de Navarre, permet aux idées nouvelles de se répandre à la cour de Nérac. Calvin rencontre Lefèvre d’Etaples. Sa fille Jeanne d’Albret, avec une rare énergie, assure l’implantation du protestantisme, dans ses terres, le Béarn, l’Albret. Les populations de Nérac, Lavardac, Agen, et Clairac, et celles des campagnes choisissent en majorité le protestantisme. Les deux partis s’opposent. C’est le début des guerres de religion.

Catherine de Médicis, reine mère de France, charge Montluc d’éliminer le protestantisme de l’Agenais. Ses cruautés sont telles qu’il y gagne le surnom de « boucher catholique ». Il n’hésite pas à tuer les Protestants qu’il fait prisonniers. Les Protestants prennent les armes. En 1569, les chefs protestants, Montgoméry, qui arrive du Béarn, le prince Henry de Navarre, Condé, l’amiral de Coligny, et leurs 10 000 soldats ravagent la région entre Sainte-Livrade et Aiguillon, » le pays est tellement dévasté, brûlé et ruiné qu’il est presque tout inhabitable ». L’armée catholique de Dupleix est stationnée à Casteljaloux et essaie de s’emparer de Lavardac. Les Protestants de Nérac sont défaits sur les coteaux du Galaup, non loin du village de Feugarolles, d’Espiens et de Vianne. Monluc doit à cette victoire de dominer le pays. La région subit les conséquences de ces luttes : massacres, viols, vols, incendies, pillages. Le manque de nourriture, la misère, la mendicité et les maladies suivent. L’Edit de Saint-Germain permet provisoirement un arrêt des combats. A Nérac, la paix est signée, après de longues conférences, comme celle du 18 février 1579, entre Catherine de Médicis et son gendre, Henri de Navarre. L’ Edit de Nérac prépare la coexistence pacifique entre les deux religions. La disette a éclaté en 1595. Des inondations en 1596 font plus de mal à elles toutes seules que l’ennemi. Les gens de guerre font d’épouvantables ravages. L’Edit de Nantes, en 1598, est enfin proclamé, grâce à Henri de Navarre devenu roi de France, sous le nom de Henri IV. Des problèmes de succession ont porté le descendant de Jeanne d’Albret au pouvoir en France. Encore a-t-il fallu qu’il se fasse catholique pour pouvoir monter sur le trône, être couronné, malgré l’opposition des Catholiques de la Ligue qui ne croyaient pas à la sincérité de sa conversion. La couronne passe de la dynastie des Valois à celle des Bourbons.

Henri IV est assassiné le 16 mai 1610 à Paris.Son fils lui succède sous le nom de Louis XIII. Il a 9 ans. Sa mère, Marie de Médicis, 2° femme d’Henri, est régente du royaume de France. L’agitation de la noblesse et la puissance des protestants menacent la puissance royale. La guerre reprend au début du XVII°siècle. Sous le règne de Louis XIII, L’Agenais continue à être un foyer de protestantisme. Le roi vient assiéger Tonneins en 1614.
En 1617 le Béarn voit rétablir le catholicisme, et la guerre de 2 ans ensanglante Nérac, Clairac, Monheurt et Tonneins. Le pays se révolte à nouveau en 1621. Le roi revient à la tête d’une armée. Il fait démanteler la plupart des places fortes, en particulier Nérac. Nérac perd son influence politique, ainsi que la Chambre de l’Edit établie par Henri IV pour juger des litiges entre Catholiques et Protestants. A Lavardac, le canon tonne. Les tirs partent de la rive d’en face et détruisent une grande partie des remparts de la ville. Le Duc de Mayenne catholique a mobilisé une armée de 3000 à 4000 hommes. Il est aidé du Seigneur de Buzet, de Bertrand de Vignoles et d’Amadieu de Montesquiou, Seigneur de Xaintrailles. Ils prennent Lavardac. C’est alors que les murs d’enceinte du sud, de la partie ouest de la ville sont détruits. Les murs de l’église sont abîmés sur trois côtés. Les catholiques s’emparent aussi des Tours de Barbaste. Un autre événement est rapporté par J.B. Truaut, mais n’est-ce pas le même ? Un bourgeois de Lavardac, protestant particulièrement exalté, aurait poussé la population à ne pas à héberger les troupes du Duc d’Epernon, ce qui aurait provoqué une attaque de la ville par les catholiques conduits par le Duc. Le canon est placé à Roquemarceau, sur la rive opposée, face aux bâtiments. Les habitants de Lavardac voient démolir le Château, la chapelle Saint-Germain, qui dépendait du château, et l’Hôpital. Le souvenir de ces troubles est sauvegardé par des noms de places, de rues, dans la ville. En 1621, avant de se rendre au siège de Montauban, où il fut tué bientôt après, le duc de Mayenne était allé prendre Monheurt, avant de s’emparer de Nérac. Nérac perd ses fortifications en 1622. À Lavardac, le passage du Duc de Mayenne aurait entraîné la destruction des murs d’enceinte des côtés sud et ouest. JB Truaut précise qu’en 1828 on a trouvé près de Lavardac où commence le chemin de Bréchan, de nombreux ossements. D’après lui, cela aurait pu correspondre aux cadavres placés là, après la prise de Lavardac par le duc de Mayenne. À l’exception de la liberté de culte et de l’égalité civile, les privilèges politiques et religieux des protestants sont supprimés par le fils d’Henri IV, Louis XIII, en 1629, avec la Paix d’Alès. La royauté est menacée par l’agitation de la noblesse et par la puissance des Protestants, face à l’autorité royale. C’est la reprise de l’affrontement avec les Protestants. Le conflit s’achève avec, en 1628, le siège de La Rochelle, la reddition de la ville en présence de Richelieu. En avril 1629, le nombre de pauvres est effrayant. Toute la Guyenne est touchée par une maladie pestilentielle, proche de la désastreuse peste. On retrouve alors l’abominable trio que sont pour la population les longues suites de guerre, la famine et la peste.